Hallo Lukas,
zunächst solltest Du schauen wo die Feuchtigkeit herkommt. Das muss nicht unbedingt ein undichtes Verdeck sein.
Bei mir war es beispielsweise ein verdrehter Ablauf im Kotflügel auf der linken Seite (Fahrerseite), was dazu geführt hat, dass auf der Beifahrerseite im Fußraum über die Öffnung vom Innenraumgebläse Wasser eintrat. Der komplette Teppich war druchnässt. Da muss man auch erst mal drauf kommen: Wassereintritt Fussraum Beifahrerseite
Möglich wären auch undichte Fenster oder ggf. Türfolien, falls Du was an der Hifianlage gebastelt hast.
Den Schimmel solltest Du auf jeden Fall zeitnah bekämpfen. Als Erstmaßnahme könntest Du das Verdeck innen mit Seifenlauge abwaschen, danach mit klarem warmen Wasser abwaschen und trocknen lassen. Danach mit 50% verdünnter Essigessenz abwaschen und trocknen lassen. Danach nochmal mit Wasser abwaschen und durchtrocknen lassen (Heizlüfter im Innenraum kann nicht schaden – den auf jeden Fall überwachen). Am besten eine Atemmaske verwenden (wenn Du aktuell eine bekommst). Im Anschluss allle Gummiteile mit Gummipflege behandeln.
Der bessere Weg ist eine Reinigung mit Seifenlauge und danach eine Behandlung mit Wasserdampf. Damit bekommst Du alle Sporen auch in Ritzen und Ecken abgetötet. Professionelle Aufbereiter bieten sowas an.
Bevor Du anfängst den Schimmel zu beseitigen, empfehle ich erst mal die Ursache zu suchen.
Und natürlich macht es in diesem Fall auch Sinn die Klimaanlage im Winter zu benutzen, da sie die Innenraumluft entfeuchtet. Ggf. mal schauen wann die letzte Klimaanlagenwartung war und ob die Trocknerpatrone noch in Ordnung ist / gewechselt wurde.
Grüße, Markus 
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